결론부터 말씀드리면, 네이버페이가 카드사보다 싸다고 보기는 어렵습니다. 신용카드는 법으로 가맹점 수수료 상한이 정해져 있어서 연 매출이 작은 영세 가게는 0.4% 안팎까지 내려가고, 일반 가게도 대략 2% 초반이 최고입니다. 반면 간편결제는 수수료를 공시할 의무만 있고 법적 상한은 없습니다. 다만 네이버페이도 영세·중소 가게에는 카드와 비슷한 우대 수수료를 적용한다고 밝히고 있어서, 작은 가게일수록 실제 차이는 크지 않을 수 있습니다. 오프라인 현장결제에 붙는 정확한 수수료율은 제가 찾은 자료에서는 확인하지 못했습니다.
가게들이 네이버페이를 받는 이유는 수수료보다는 다른 데 있는 것 같습니다. 네이버 검색 결과에서 상위에 보이는 데 결제 실적이 영향을 준다고 하고, 예약과 주문, 리뷰 관리까지 한 단말기로 묶을 수 있기 때문입니다. 네이버페이가 보급 중인 단말기 커넥트가 그런 기능을 합니다. 또 네이버페이는 설 연휴 같은 대목에 영세·중소 가게의 현장결제 수수료를 일주일간 면제해 준 적도 있어서, 가게 입장에서는 부담이 덜한 편입니다.
참고로 온라인 쇼핑 쪽 네이버페이 수수료가 카드보다 몇 배 높다는 기사가 종종 나오는데, 이건 결제대행과 입점 관리 비용이 함께 들어 있어서 오프라인 가게 결제와는 직접 비교하기 어렵습니다. 가게 사장님께 직접 여쭤보시면 지금 적용받는 요율을 가장 정확하게 알 수 있습니다.