괜찮습니다. 귀 체온계는 귀 안에 직접 삽입하는 게 아니라 외이도 입구에 가져다 대는 방식이라, 매 사용마다 알코올 소독이 필수적인 기구가 아닙니다.
의료기관에서는 일회용 프로브 커버를 씌워서 사용하는 게 일반적인데, 그걸 사용했다면 알코올 닦는 절차 자체가 필요 없습니다. 커버를 교체하는 것만으로 교차 감염 예방이 됩니다. 커버 없이 썼더라도 외이도 점막은 단순 접촉만으로 감염이 전파되는 부위가 아니라서 현실적인 위험은 거의 없습니다.
너무 걱정 안 하셔도 됩니다.