말씀하신대로 과거 형태 중심의 동물, 식물, 균류, 원생생물, 모네라 5계 분류 체계에서 유전자 분석 기반의 3역 6계 체계로 바뀌었습니다.
말씀하신 것처럼 핵심 기준은 rRNA 분석결과로 칼 우주는 모든 생물에 존재하는 16S/18S rRNA 염기서열을 분자 시계로 활용했습니다.
그래서 분석 결과 기존 모네라계(원핵생물)가 유전적으로 판이한 세균역과 고세균역으로 나뉘었으며, 현재 생물은 세균역, 고세균역, 진핵생물역의 3역으로 분류됩니다.
고세균은 겉모습만 원핵생물일 뿐, 유전자 전사 및 번역 메커니즘이 진핵생물과 매우 유사합니다.
실제 고세균의 RNA 중합효소 구조와 작용 방식은 세균보다 진핵생물의 시스템에 가깝고, 세균과 달리 고세균은 진핵생물처럼 히스톤 단백질을 이용해 DNA를 패키징합니다.
또한 세균/진핵생물은 에스테르 결합을 쓰는 반면, 고세균은 분자 구조가 다른 에테르 결합을 사용합니다.
즉, 고세균은 유전자를 복제하고 단백질을 만드는 내부 시스템 관점에서 진핵생물의 직계 조상 라인에 가까운 것이죠.
결론적으로 3역 체계는 겉모습이 아닌 생명의 가장 근본적인 유전 정보 처리 체계를 기준으로 구분한 것입니다.