결막염은 원인에 따라 회복 기간이 다릅니다. 가장 흔한 바이러스성 결막염은 보통 5일에서 10일 정도 지나면서 서서히 호전되고, 경우에 따라 2주까지 지속되기도 합니다. 세균성 결막염은 항생제 점안 후 2일에서 3일 내에 증상이 완화되는 경우가 많습니다. 알레르기성은 원인 노출이 계속되면 오래 지속됩니다.
초기 1일에서 3일 사이에는 오히려 충혈이나 부종이 더 심해지는 경우도 흔하며, 이는 질환의 자연 경과로 볼 수 있습니다. 현재처럼 감기가 동반된 경우 바이러스성 결막염 가능성이 높고, 이 경우 회복이 다소 지연될 수 있습니다.
다만 3일에서 5일 이상 치료에도 전혀 호전이 없거나 통증, 시력 저하, 눈부심이 동반되면 각막 침범 가능성을 고려해 재진이 필요합니다. 일반적으로는 일주일 전후로 점차 좋아지는 경과를 보입니다.