고추장은 담근 뒤 상온에서 3-7일 정도 숙성시키는 것이 일반적입니다. 이 기간 동안 발효가 시작되면서 맛이 깊어지고 고추장의 색이 안정됩니다. 다만 요즘은 집안 온도가 높기 때문에 2-3일만 상온에 두고 냉장보관해도 충분합니다. 너무 묽게 되면 상온에 오래두면 발효과 과하게 진행될수 있으니 표면에 기포가 생기기 전에 바로 냉장고로 옮기는 것이 안전합니다
우리는 일반적으로 고추장을 겨울에 담가 봄가 여름을 거쳐 최소한 6개월 이상 1년 정도의 숙성 기간을 거치게 된다고 합니다. 보통 항아리에 담아서 자연 발효 기간을 거치게 된다고 합니다. 이떄 곰팡이 방지를 위해서 천을 덮어 항아리 뚜껑을 덮어 보관을 한다고 합니다. 전통 고추장이 아닌 경우 굳이 냉장고에 보관 안해도 되고 15-20도 정도의 상온인 베란다 에서도 보관 가능 하다고 합니다.