꼭지 부분에서 청국장처럼 시큼하고 발효된 냄새가 난다면 이미 꼭지 주변부터 미생물 증식이나 부분 부패가 시작됐을 가능성이 있습니다. 특히 날파리가 붙어 있었고, 물렁한 부분까지 생겼다면 단순 후숙만 진행된 상태로 보긴 조금 애매합니다.
토마토는 겉 일부만 물렁해 보여도 안쪽부터 발효되거나 무르기 시작하는 경우가 꽤 있어서, 냄새가 이상하면 조심하는 게 맞습니다. 특히 꼭지 주변은 균이 먼저 들어가기 쉬운 부위라 냄새가 나는 건 중요한 신호입니다.
그리고 밑부분은 아직 단단하고 후숙이 덜 됐는데 꼭지 쪽만 냄새 나고 물렁해졌다면, 균일한 후숙이라기보다 부분 변질 가능성이 조금 더 있어 보입니다.
솔직히 말씀드리면 아주 살짝 무른 정도면 잘라내고 먹는 분들도 많긴 한데, 청국장 같은 발효 냄새까지 느껴질 정도면 개인적으로는 버리는 쪽이 더 안전해 보입니다. 특히 여름철 실온 보관 후 날파리까지 있었다면 위장 탈 가능성도 있어서요.