장어는 약 1억 4천만 년 전 중생대 백악기 초기에 지구에 등장했으며, 초기에는 뼈와 지느러미가 뚜렷한 형태였으나 점차 길고 유연한 몸으로 진화하며 다양한 환경에 적응했습니다. 특히 장어는 해양과 민물을 오가며 생활하는 독특한 생태를 발전시켰는데, 유생 단계로 바다를 떠다니며 생존하고 성장 후 민물에서 살다가 산란을 위해 다시 바다로 돌아가는 생활사를 통해 서식 환경에 적응했습니다. 이러한 진화와 생존 전략은 먹이 확보와 포식자 회피를 가능하게 해 오늘날까지 다양하게 분포하며 성공적으로 살아남게 했습니다.
아쉽지만, 장어가 지구 환경에서 처음 등장한 정확한 시기를 단정적으로 말하기는 어렵습니다.
먼저 장어는 몸이 부드럽고 뼈가 작아 화석으로 남기 쉽지 않은 생물입니다. 따라서 다른 어류들에 비해 화석 기록이 매우 적습니다. 또한 생물의 진화는 매우 복잡한 과정이며, 새로운 종의 출현 시기는 다양한 환경 요인과 유전적 변화에 의해 영향을 받게 되는데 이를 되짚어 올라가기 매우 어렵습니다.