아마존강에 서식하는 강돌고래, 특히 아마존강돌고래는 약 1500만 년 전, 마이오세 시대에 해양 돌고래의 조상으로부터 분화되어 형성된 것으로 추정됩니다.
당시 해수면이 현재보다 높아 남아메리카의 많은 지역이 기수에 잠겨 있었을 것으로 보이며, 이러한 환경에서 아마존강돌고래는 강 유역에 남아 해양 돌고래와는 다른 독특한 종으로 진화했다고 합니다.
화석 기록에 따르면, 아마존강돌고래는 안데스 조산대가 형성되기 전 태평양에서 아마존으로 이동했을 가능성이 있으며, 일부 학자들은 더 최근에 대서양에서 들어왔을 것이라는 가설도 제시하고 있습니다.