자연적으로 다양한 색상을 가지는 꽃의 경우에는 플라보노이드, 카로티노이드, 베타레인, 클로로필 등의 색소를 다양하게 가지고 있는 경우이며 같은 색소를 가지고 있더라도 pH(산성도) 등의 요인에 의해서 다른 색을 나타내는 경우가 있습니다. 예시로는 나팔꽃을 들 수 있습니다. 이는 고유의 색소로 인해 다양한 색이 발현되는 경우입니다. 반면 인위적으로 꽃의 색깔을 만들어낼 수 도 있는데, 원래 장미는 흰색과 붉은색만 나타내는 꽃이었습니다. 장미의 경우에는 파란 색소를 만드는 유전자를 가지고 있지 않는데, 따라서 시중에 보이는 파란장미는 인위적인 유전자 재조합 기술에 의한 것이라고 할 수 있습니다.