애니메이션 회사에서 사용하는 프로그램은 만드는 방식에 따라 다릅니다.
일본 TV 애니메이션처럼 2D 애니메이션은 보통 Clip Studio Paint, RETAS STUDIO, Toon Boom Harmony 등을 많이 사용합니다. 특히 Toon Boom Harmony는 해외 애니메이션 업계에서 매우 널리 쓰이는 편입니다.
3D 애니메이션이라면 Blender, Autodesk Maya, Autodesk 3ds Max 등을 사용합니다. 영화나 게임 CG 제작에도 많이 쓰이고요.
영상 편집과 후반 작업에는 Adobe After Effects, Adobe Premiere Pro 같은 프로그램이 자주 사용됩니다.
사용료는 프로그램마다 다릅니다. 예전에는 "한 번 사면 평생 사용"하는 영구 라이선스가 많았지만, 요즘은 구독제가 대세입니다. 예를 들어 Adobe 계열 프로그램들은 대부분 월 또는 연 단위 구독료를 내야 계속 사용할 수 있습니다.
반면 Blender는 완전 무료 오픈소스라서 비용 없이 평생 사용할 수 있습니다. 그래서 개인 창작자나 소규모 스튜디오에서도 많이 사용하고 있습니다.
만약 질문자님이 애니메이션을 직접 만들어 보고 싶다면, 처음부터 비싼 프로그램을 구독하기보다 Clip Studio Paint나 Blender부터 시작하는 것을 추천드립니다. 실제 업계에서도 사용되는 수준의 기능을 갖추고 있어서 공부하기에 충분합니다. ㅎㅎ