안녕하세요. 황호균 세무사입니다.
종합소득세는 누진세율을 적용하기 때문에 납부세액이 나오신 것으로 보입니다.
현행 소득세법는 소득구간에 따라 각기 다른세율을 적용하고 있습니다.
예를들어 질문자님의 소득이 6,000만원(각 사업장별 3,000만원)이라고 가정해보겠습니다.
소득 3천만원인 경우 소득세율은 15%이므로 각 사업장에서는 15%기준으로 세금을 부과하였을 것입니다.
그러나 두 사업장의 소득을 합산하여 정산하는 경우 소득6천만원은 24%세율이 적용되므로 차액에 대하여 추가세금이 부과되는 것입니다.