버스에서 빈자리를 두고 서있는것은 개인의 선택이라 문제될 것이 전혀 없다고 생각합니다.
버스에서 자리가 이는데도 서있는 이유는 생각보다 다양합니다.
몇 정거장만 가서 금방 내릴 예정이라 앉았다가 다시 일어나기 번거로운 경우도 있고, 앉는 것보다 서있는게 편한 사람도 있습니다.
계속 앉아만 있었어서 좀 서있고 싶을 수도 있고요.
또 위생때문에 좌석을 피하거나 몸이 불편해서 오히려 서 있는게 나은 경우도 있습니다.
그래서 이런 행동 자체가 예의에 어긋난 것이라고 보기는 어렵습니다.
말씀하신것처럼 애매한 분위기가 생길수도 있을 것 같기는한데요.
특히 사람이 적당이 있는 상황에서 누군가 자리를 비워두고 서있으면 다른사람이 앉아도 되나 하고 눈치를 보게 되는 경우가 있기도 하고요.
이럴때는 자리를 비워둔 사람이 조금만 옆으로 비켜주거나 앉으셔도 된다고 표현해주면 훨씬 자연스럽게 해결될 수 있습니다.
서 있는 것 자체는 전혀 문제될 것이 없다고 생각합니다.
각자의 이유가 있을테니까요.