SDS-PAGE에서 Reducing agent 가 의미하는 바가 무엇인가요?
오늘 실험실에서 샘플버퍼를 만드는데, 5x에 tcep을 넣는 과정이 있었습니다. 그런데 그 양이 부족했는지 양을 좀더 늘리라고 말씀하지면서 reducing agent 양이 부족하다고 하시더라구요. 여기서 reducing agent는 tcep을 말하시는건데 reducing agent가 무슨의미인지 알려주세요.
SDS-PAGE에서 "Reducing agent"는 단백질의 이황화 결합을 끊어서 단백질을 완전히 변성시키는 화학 물질을 의미합니다. 단백질은 종종 이황화 결합에 의해 2차, 3차 또는 4차 구조를 형성합니다. 이황화 결합은 두 개의 시스테인 잔기 사이에 형성된 공유 결합으로, 단백질의 안정성과 기능에 중요한 역할을 합니다. 그러나 SDS-PAGE에서는 단백질을 1차 구조로 분해하여 각 폴리펩타이드 사슬의 크기만을 기준으로 이동하도록 해야 합니다. 이를 위해 이황화 결합을 끊는 것이 필요합니다.
실험실에서 사용하는 일반적인 reducing agent로는 DTT(dithiothreitol), β-머캅토에탄올(β-mercaptoethanol), 그리고 최근에 사용된 TCEP(tris(2-carboxyethyl)phosphine) 등이 있습니다. 각 agent의 역할은 이황화 결합을 환원시켜 단백질을 변성시키는 것입니다. DTT는 비교적 안정적이며 효율적으로 이황화 결합을 끊는 데 사용됩니다. β-머캅토에탄올은 DTT와 유사하지만 휘발성과 냄새가 강해 사용이 불편할 수 있습니다. TCEP는 비교적 새로운 reducing agent로, 산소에 대해 안정적이고, DTT나 β-머캅토에탄올보다 취급이 쉬운 장점이 있습니다.
실험에서 사용한 TCEP는 다른 reducing agent들과 마찬가지로 단백질의 이황화 결합을 끊는 역할을 합니다. 이 과정을 통해 단백질 샘플이 완전히 변성되어 SDS-PAGE에서 단백질의 분리와 분석이 용이해집니다. 결론적으로, reducing agent는 단백질의 이황화 결합을 끊어 단백질을 개별 폴리펩타이드 사슬로 분리시키는 화학 물질입니다. 이는 SDS-PAGE에서 단백질을 변성시켜 크기(분자량)에 따라 이동할 수 있게 하여, 단백질의 정확한 분리와 분석을 가능하게 합니다. TCEP는 이러한 reducing agent 중 하나로, 실험에서 중요한 역할을 합니다.
SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis) 실험에서 환원제(reducing agent) 의 역할은 매우 중요합니다. 이황화 결합은 단백질 분자의 고차원적 구조를 형성하는데 중요한 역할을 합니다. SDS-PAGE를 통해 단백질을 분석할 때, 우리는 단백질을 가능한 가장 선형의 형태로 전개시키고 싶습니다. 환원제는 이황화 결합을 화학적으로 분해하여 단백질 분자들이 더 선형적인 구조로 펼쳐지게 도와줍니다.