거북선의 내부 구조는 2층설과 3층설로 나뉩니다. 2층설은 판옥선과 같이 노를 젓는 공간과 전투 공간이 같은 층에 있다는 주장입니다. 이는 1795년에 편찬된 이충무공전서게 근거합니다. 이에 따르면 군사들이 쉴 때는 포한 아래 있고, 싸울 때는 포판 위에 올라와 전투를 했다는 기록입니다.
그리고 3층설은 노를 젓는 것과 전투가 동시에 이루어져야 3층이어야 한다는 주장입니다. 이는 대포가 좌우 12문, 앞뒤 7문 등 19문이 장착되어 있기 때문에 2층 구조는 전투에 원활하지 못하다는 것입니다.