야쿠자라는 이름의 유래에는 많은 설이 있으며, 그 중에서는 하나후다로 하는 도박인 오이쵸카부(おいちょかぶ)의 필패수인 893 조합에서 나왔다는 설이 가장 잘 알려져 있습니다.
1960년대 중후반 벌어진 제1차 정상작전(일본 경찰의 야쿠자 조직 해산 작전.) 이후 각지에서 군림하던 조직들이 해산과 재구성을 거듭하여 2015년 8월경 까지 전체 야쿠자의 절반 가량은 일본 야쿠자 3대 조직인 야마구치구미(山口組), 스미요시카이(住吉会), 이나가와카이(稲川会) 소속의 하위조직이 되었고, 나머지 절반 역시 이들과 밀접한 관계를 맺게 되었다. 2020년 4월 2일 일본 경찰청의 발표에 따르면 2019년 말 현재 일본 전국의 폭력단원 숫자는 28,200명으로 폭력단 세력의 피크인 1963년 184,100명에 비하면 그 세가 크게 줄어들었다.