대부분의 경우 큰 문제는 없습니다.
정액검사는 정액의 양, 농도, 운동성, 형태 등을 평가하는 검사인데, 일부가 컵 바깥으로 묻었거나 채취 과정에서 소량이 손실되면 검사 결과에 영향을 줄 수는 있습니다. 특히 사정 초기에 나오는 정액에는 정자가 상대적으로 많이 포함되어 있어, 처음 나온 부분이 채취되지 않은 경우에는 정자 농도나 총 정자 수가 실제보다 낮게 측정될 가능성이 있습니다.
반면 질문처럼 컵 바깥에 묻은 것을 닦아낸 행위 자체가 정자를 "오염"시켜 검사 결과를 왜곡하는 경우는 흔하지 않습니다. 검사실에서는 채취 과정에서 일부 손실이 있을 수 있다는 점을 알고 있기 때문에, 접수 시 채취 중 일부를 흘렸는지 여부를 확인하는 경우도 있습니다.
만약 검사 결과가 정상으로 나왔다면 채취 과정의 작은 실수는 대개 임상적으로 큰 의미가 없습니다. 그러나 결과가 경계치이거나 정자 수가 적게 나왔다면, 채취 과정의 손실이 영향을 미쳤을 가능성을 고려하여 2주에서 3개월 후 재검을 권하기도 합니다.
따라서 걱정해야 할 부분은 "오염"보다는 "사정 초반 정액이 일부 채취되지 않았는지"입니다. 검사 결과가 아직 나오지 않았다면 결과를 먼저 확인하시는 것이 좋고, 결과가 비정상으로 나오더라도 정액검사는 원래 최소 2회 이상 반복 검사로 판단하는 것이 원칙입니다. (대한남성과학회, 유럽비뇨의학회 가이드라인)