네. 말씀하신 경우라면 미납요금을 정상적으로 납부한 후에는 일반적으로 법적 불이익이나 기록상 문제가 발생하지 않습니다.
초보 운전자분들이 하이패스 단말기나 카드를 설치하지 않은 상태에서 실수로 하이패스 차로에 진입하는 경우는 생각보다 흔합니다. 이런 경우 한국도로공사나 민자고속도로 운영사에서 차량번호를 인식하여 미납 통행료를 부과하게 되고, 이후 안내에 따라 납부하면 통행료가 정상 정산된 것으로 처리됩니다.
중요한 것은 "실수로 진입 후 미납요금을 납부한 경우"와 "고의로 반복적으로 미납하는 경우"는 다르다는 점입니다. 질문자님처럼 다음 날 확인하고 바로 납부하는 경우에는 세금 체납이나 범칙금처럼 불이익이 생기지 않습니다. 신용도에도 영향을 주지 않습니다.
다만 미납 상태를 장기간 방치하면 독촉이 진행될 수 있고, 고의적인 상습 미납으로 판단되는 경우에는 통행료의 부가금이 부과될 수 있습니다. 하지만 질문자님처럼 즉시 납부하는 경우는 해당되지 않습니다.
따라서 현재 상황이라면 전혀 걱정하지 않으셔도 됩니다. 단순히 "통행료를 나중에 정산한 것"으로 처리된다고 생각하시면 됩니다. 오히려 미납 사실을 확인하고 바로 납부하신 것이 가장 정상적인 처리 방법입니다.