겔 전기영동은 제한효소로 잘린 DNA 조각들을 전하와 크기에 따라 분리하는 기법입니다.
DNA는 화학 구조상 전체적으로 강한 음전하를 띄고 있습니다.
그래서 전압을 걸어주면 음전하를 띤 DNA는 마이너스극에서 양극으로 이동하게 되죠.
그리고 아가로스 겔은 굳으면서 촘촘한 3차원 미세 그물망 구조를 형성하는데, 이 그물망은 일종의 체 역할을 하여 DNA 이동에 저항을 주게 됩니다.
그래서 크기가 작고 짧은 DNA 조각은 그물망 사이를 쉽게 빠져나가 빠르게 멀리 이동할 수 있는 반면 크기가 크고 긴 DNA 조각은 그물망에 얽혀 이동이 느려 출발선 부근에 남을 수 밖에 없습니다.
이러한 속도 차이로 인해 DNA는 크기별로 뚜렷한 띠 형태로 분리되는 것입니다.
또 이미 말씀하신 것처럼 겔에 DNA 결합형 형광 염색약을 섞어 실험을 진행하는데, 마지막에 자외선(UV)을 조사하여 염색된 형광 밴드를 좀 저 명확하게 볼 수 있어 그 DNA 조각들을 관찰하게 됩니다.