대부분의 경우 성별확정수술 후에도 소변과 대변은 일상생활에 큰 지장 없이 배설할 수 있습니다. 수술의 목적 자체가 가능한 한 정상적인 배뇨 기능을 유지하거나 재건하는 것이므로, 회복이 완료되면 대부분 일반적인 배뇨가 가능합니다. 대변은 항문을 직접 수술하는 것이 아니므로 일반적으로 배변 기능에는 큰 변화가 없습니다.
다만 수술 직후에는 수술 부위의 부종과 상처 때문에 소변을 볼 때 따갑거나 통증이 있을 수 있고, 배변 시에도 회음부에 힘이 가해져 일시적인 불편감이 생길 수 있습니다. 이러한 증상은 대개 상처가 회복되면서 점차 호전됩니다. 반면 요도 협착, 요도 누공, 상처 감염, 흉터 형성 등의 합병증이 발생하면 배뇨 곤란이나 통증이 지속될 수 있으며, 추가 치료가 필요한 경우도 있습니다.
수술 방법에 따라서도 차이가 있습니다. 남성에서 여성으로의 성별확정수술은 새로운 요도 위치를 만들기 때문에 초기 배뇨 양상이 달라질 수 있으며, 여성에서 남성으로의 성별확정수술은 요도를 연장하는 수술을 함께 시행하는 경우 요도 관련 합병증이 비교적 더 흔하게 보고됩니다. 따라서 수술 방법에 따라 배뇨 기능의 회복 과정과 합병증 발생 위험에는 차이가 있지만, 적절히 회복되면 대부분 일상적인 소변과 대변 배설이 가능합니다.