부가세 금액을 어떻게 계산을 해놔야 맞는걸까요??

상기 이미지처럼 사업이 진행된다고 했을 경우,

A, B 기업 입장에서는

5천만원에 대한 부가세 금액(500만원)을 사전 정산해 놓고,

4,500만원으로 자재비와 인건비를 지급하는게 맞는 것인지??

아니면 5천만원에서 2,700만원과 인건비를 최종 정산하고 남은 금액인 @(기업이윤)에 대해서 부가세를 정산하는 것이 맞는 것인지 궁금합니다.