기도원은 두가지 목적으로 방문하게 됩니다.
1. 일반교회보다 기도를 집중적을 하고 싶은 신도들이 방문하는 곳입니다.
보통의 큰 기도원에서는 하루에 5~8번의 기도회가 있습니다.
혼자만 기도할수 있는 개인기도실이 구비되어 있습니다.
일반교회는 평일 새벽예배, 수요예배, 금요예배, 주일예배로 이루어저 있는데,
하루종일 기도 하고 싶은 분들은 일반교회에서 하기 어렵기 때문에 기도원을 방문하게 됩니다.
2. 일반교회의 수련회, 특별기도회, 세미나 모임장소입니다.
기도원은 예배당만 있는것이 아니라, 세미나공간, 식당, 침실도 구비되어 있기에,
청장년 수련회 목적으로 방문하기도 하고, 교육목적의 세미나 장소로 쓰이기도 합니다.
보통의 경우 큰기도원은 대형교회에서 운영하는 경우가 많고, 작은기도원은 개인적으로 운영하는 편입니다.