인조가 소현세자를 독살했을 것이라는 주장이 있을 수 있습니다. 소현세자는 귀국 두달만에 갑자기 사망했고, 시신에 검은 반점이 생기고 일곱 구멍이 신혈이 흘러나와 약물 중동과 비슷한 모습이었다고 <인조실록>에서 기술되었습니다. 이는 약물 중독에 살인일 가능성이 있습니다. 그리고 인조가 세자의 치료를 맡긴 어의 이형익은 인조의 측근이었으며, 세자가 죽어도 처벌받지 않았습니다.
그러나 소현세자는 청나라 인질 시절부터 병약하였고, 귀국 길에도 요양아 필요할 정도로 아팠습니다. 귀국 후 기침, 발열, 호흡곤란 등 폐렴 또는 학질(말라리아)에 가까운 증상을 앓았다는 기록이 있습니다. 따라서 병사했을 가능성도 큽니다.