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고추의 기원은 수천 년을 거슬러 올라가, 남아메리카에서 시작된다. 그동안 식물학자들의 수많은 연구가 있었지만, 아직 정확한 지역을 특정해내지는 못하고 있다. 일반적인 견해는 볼리비아와 브라질 접경 산악 지대에서 최초 유래되었다는 것이다.
그로부터 수천 년이 지난 후, 고추는 중앙아메리카 및 남아메리카 전역으로 전파되었다. 아마 새들의해서나, 지역 원주민들의 도움이 컸을 것이다. 원래 작고 둥근 붉은색 열매였던 야생 고추는 새들에게나 좋은 먹잇감이었지, 사람들의 관심은 받지 못했다.