원래, 숙취를 일으키는 원인은 알코올 그 자체의 독성에도 있겠지만 무엇보다도, "협잡물"이라고 일컬어지는 알코올 외의 다른 물질들입니다. 막걸리가 다른 술들에 비해 숙취가 심한 것은 알코올 이외에도 막걸리 속에 다른 물질들, 막걸리 내에서 알코올을 띠게 했던 물질 즉 협잡물이 많이 포함되어 있기 때문이 아닌가 싶습니다.
숙취가 더 심한 이유는 그 안에 들어있는 성분의 차이 때문인데요. 보드카·소주를 마시면 알코올 분해효소에 의해 아세트알데하이드가 생기지만 와인·맥주·막걸리 등에는 아세트알데하이드가 이미 들어있어서 숙취가 더 심합니다. 또한 와인·막걸리 같은 발효주는 발효는 과정에서 만들어질 때 불순물이 생겨 숙취가 더 심하기도 합니다.
발효를 통해 화학물질,불순물이 발생하게 되는데 이는 알코올분해를 방해하게 됩니다. 특히 히스타민이라는 성분이 다량으로 함량이 되어있는데 몸이 알레르기 반응을 일으킬 때 분비되는 화학물질 중 하나입니다. 이는 콧물,안구건조, 두통을 유발하여 숙취를 더 악화시키게 됩니다. 심할 경우 항히스타민을 복용하여 두통을 완화시키는 것이 좋습니다.