임대보증금은 임차인의 연체된 차임이나 관리비, 수선비 등을 보증하는 것이므로 원칙적으로 소송비용채권을 임대보증금에서 공제할 수는 없습니다. 다만 소송비용채권이 확정된다면 임차인의 보증금반환채권과 임대인의 소송비용채권을 상계하는 것은 가능할 것입니다. 따라서 말씀하시는 방법으로 소송비용채권 상계를 하는 것도 가능해보입니다.
다만 임차인이 보증금반환청구소송을 제기하게 될 경우 판결선고 전까지 임차인에 대한 소송비용채권이 확정되어야 상계가 가능할 것입니다.