유산균 자체가 식도염을 다시 재발시키는 요인이 되지는 않으나, 만일 유산균 복용 후 구역감이나 속쓰림등이 나타난다면 유산균으로 인해 식도염의 위험도를 높일 수 있기 때문에 (특히 자기 전 복용할 경우 위내용물이 올라올수 있기 때문에 식도염의 위험도가 증가할 수 있습니다.) 자제하시는 것을 권유하신 것으로 보입니다.
가장 정확히는 내과에서 다시 위내시경을 하는 방법이 있겠으나, 우선은 유산균 복용 시간대를 조정하셔서 경과가 호전되는지 보는 것이 좋겠습니다