메주는 삼국시대 이전부터 만들어 먹기 시작한 것으로 추정됩니다. 중국 역사서인 삼국지에는 고구려 사람들이 콩을 발효시키는 기술에 뛰어났다고 기록되어 있습니다. 통일신라 시대에는 메주로 간장과 된장을 만들었다는 기록이 남아 있으며, 이는 우리나라에서 메주를 사용한 역사가 1400년 이상 되었음을 보여줍니다.
메주라는 단어는 1527년 『무자수련문자집』에 기록된 대로 중세 한국어 "몌조"에서 파생되었으며, 이는 "며주"에서 파생되었다. 한자를 사용하여 기록된 초기 표기에는 송나라 학자가 쓴 12세기 한국에 관한 책인 계림유사 에 기록된 "밀저" (蜜沮)가 있다. 콩을 발효시키는 풍습은 삼국시대 (기원전 57년~서기 668년) 이전부터 시작된 것으로 추정된다.