암행어사의 주된 임무는, 조선 초기에는 지방 수령의 임무인 7사(농사와 양잠을 성하게 하고, 호구를 늘리며, 학교를 일으키고, 군정을 닦고, 부역을 고르게 하고, 소송을 간명하게 하며, 간활을 그치게 할 것)를 제대로 거행하고 있는지의 여부와 실적 허위보고 유무 등을 조사하는 것이었습니다. 부정 등의 증거가 명백한 자는 가두고, 국문 또는 신문을 할 수 있도록 어사의 권한을 강력하게 규정하였죠.
암행어사제도가 발전되면서 임무가 구체화 되어, 조선 후기에는 3정(전정, 군정, 환곡)의 문란 상황과 관리들의 근무 실적 조작 등 조사 항목을 구체적으로 나열하여 살피게 했고, 동시에 암행어사의 활동방법에 대한 규제도 늘어나, 암행어사가 자신의 권한을 남용하거나, 크게 부풀리는 것, 직무를 게을리 하는 것들을 엄격하게 경계했습니다.
암행어사는 민심 시찰을 위해 민간인으로 위장해 여러 지방을 순행하면서 부패하거나 백성들에게 횡포를 부리는 고을 수령, 탐관오리들을 잡아내는 임무를 맡은 관직으로 수령의 잘못이 밝혀지면 죄질에 따라 관인을 빼앗고 봉고 후 임시로 지역의 형벌을 심리하고 백성들의 민원을 들었으며, 임무가 끝나면 수령의 행적에 대한 보고서를 올렸습니다.