급여항목 비과세-요율 계산법 궁금합니다

근로자A님이 월급여 300만원을 수령하고있는데요

기본급2,413,726원 /연장수당 656,274원 /연구수당 200,000원 으로 항목이 나뉘어져있습니다.

연구수당 200,000이 비과세 항목으로 알고있는데요

여기서 궁금한건 4대보험-국민연금/건강보험/고용보험료/산재보험료 가

월급여 합계인 300만원에 대해서 요율을 곱해서 정해지는지, 아니면 비과세 항목을 뺀 280만원에 대해서 요율이 곱해서 정해지는지 궁금합니다..

추가로, 20만원이 비과세가 된다면 소득세가 280만원에 대해서 소득세를 공제하던데

그러면 세금을 덜 낸게 되므로 [연구수당 으로 분류없이 300만원(기본급+연장근로수당)] 일때 연말정산을 진행하는 것보다

근로자입장에서는 불리하게 되는건가요?

답변부탁드립니다.