트로이 목마는 그리스 로마 신화에 등장하는 것으로, 트로이 전쟁에서 오디세우스가 공성전 과정에서 만들어낸 목마입니다. 오디세우스는 목마 안에 30여명의 정예병을 숨긴 상태에서 전쟁의 여신 아테나에게 제사를 지내며 목마를 제물로 바친다고 소문을 내고 제사를 지낸 후 철수합니다. 그리고 그 목마를 트로이 성에 들이면 전쟁에서 승리한다는 거짓 예언을 퍼뜨리고 그 예언에 속은 트로이 군이 목마를 성 안으로 가져옵니다.
그리고 목마에 숨어있던 정예병이 성문을 열어 오디세우스는 전쟁에서 승리합니다.
이와 같이 트로이 목마 바이러스는 존재를 감추고 컴퓨터 내부에 침투해 컴퓨터 보안 체계를 무력화 시킨 후 다른 바이스러가 침투할 수 있게 만들어서 트로이 목마 바이러스라고 부릅니다.