이에 대하여는 굳이 반출이 되지 않았다면 수입화물관리번호만으로도 충분할듯 합니다. 실제로 반출이 되었다면 내국물품이고 말씀하신대로 수행하는 것이 맞습니다만, 현재의 경우 수리된 상태에서 통관 불가 판정이 난것이기에 일단 기존의 통관에 대하여 기각을 하고 다시 외국물품 상태에서 이를 반송하는 절차를 밟게될 것으로 판단됩니다. 자세한 부분은 통관 관세사에게 요청하시길 바랍니다.
일반적으로 수입신고가 수리되기 전에 식약처 수입신고가 승인되었을 걸로 판단되는데, 특이한 케이스로 보여집니다. 아마 수입신고 수리 후에 계약 상이 수출을 하시려는 것 같은데 제 생각에는 보세구역에 아직 있는 경우에는 바로 수출신고를 해도 무방하지 않을 까 싶습니다. 이 부분은 해당 수출을 관할하는 화물과에 문의주시면 명확하게 알려주시니 바로 연락하시는 것을 추천드립니다.