가장 큰 이유는 효율성 때문입니다. 또한 인간가 의외로 높은 유사성을 가지기 때문이기도 하죠.
먼저 초파리는 알에서 성충까지 약 10일이면 충분해, 단기간에 수십 세대의 변화를 관찰할 수 있습니다. 또한 한 번에 수백 개의 알을 낳아 통계적으로 신뢰할 수 있는 많은 데이터를 한번에 얻기 유리합니다.
게다가 인간 질병 관련 유전자의 약 75%가 같기 때문에 인체 변화를 예측하는 모델로도 적합하고 염색체가 4쌍뿐이라 유전자의 위치와 변이를 추적하기도 매우 쉽습니다. 외부적으로도 눈 색깔이나 날개 모양 등 겉으로 드러나는 특징이 뚜렷해 유전적 변화를 확인하기도 쉽죠.
여기에 경제적인 부분도 있는데, 좁은 공간에서 적은 비용으로 수만 마리를 사육할 수 있어 비용도 적게 듭니다.