수면 대장내시경은 일반적으로 안전한 절차로 간주되지만, 모든 의료 절차에는 매우 드문 확률로 일정한 위험이 따릅니다. 수면 대장내시경 시 사용하는 진정제는 대부분의 사람에게 안전하게 사용되며, 심각한 합병증은 매우 드뭅니다. 진정제 사용 후 깨어나지 않는 사례는 극히 드물며, 주로 환자의 건강 상태, 사용된 약물의 종류와 용량, 그리고 시술 중 발생할 수 있는 예기치 않은 반응 등 여러 요인에 의해 좌우될 수 있습니다. 대부분의 경우, 진정 상태에서 시술을 받은 환자들은 시술이 끝난 후 몇 분에서 몇 시간 내에 회복됩니다.