전국시대 처음 일본에서 기독교는 환영받았습니다. 하지만 통일 진행되면서 기독교는 정치적 위협이 되었습니다. 당시 다이묘들은 포르투갈, 스페인 상인들과 교역하고, 조총을 얻기 위해 선교사와 기독교를 받아들이기도 했습니다.
하지만 도요토미 히데요시는 선교사와 기독교 개종 다이묘들이 외국세력과 연결하여 일본에 침략하거나 개입할 수 있다고 판단했습니다. 그리고 일부 기독교 세력이 불교 사찰을 파괴하는 등 문제를 일으켰습니다. 그래서 1578년 선교사 추방령을 내리고, 1597년 나가사키에서 신자와 선교사 26명을 처형하기도 했습니다.
에도 막부 시대에도 기독교 신자들이 주군보다 종교적 지도자에 충성할 것을 우려하여 1614년 금교령을 내린 것입니다.