부가가치세를 부담하는 사람이 귀하인지 공인중개사인지는 당사자 간이 합의사항입니다. 누가 부담해야 되는지 법령에서는 구체적으로 정한 사항은 없고, 다만 판례에서 합의사항으로 판시하고 있을 뿐입니다.
말씀하신대로 간이과세자인 공인중개사의 경우 중개수수료에 대한 부가가차세 3퍼센트를 국세청에 신고하고 납부할 의무를 부담하며 이 금액을 귀하에게 전가한 것으로 보입니다. 혹시 계약 당시 부가세를 포함하여 중개수수료를 지불하기로 합의하셨다면 이에 대해 소통을 하실 필요가 있겠습니다.