1623년 인조 반정 이후 서인은 오랫동안 정국을 주도했습니다. 서인은 인조의 지지를 바탕으로 정치 세력과 밀접한 관계를 맺었습니다. 반정 직후 숙청과 등용을 병행해 반정 세력 내부의 결속력을 높였고, 서인 핵심 인사들이 요직을 차지했습니다. 반정공신 책봉과 논공행상이 이들의 권력 기반이 되었습니다.
특히 서인은 군사권을 장악하였습니다. 특히 왕권 수호를 명분으로 호위청을 설치해 호위군관을 공병화했고, 반정에 공로가 큰 4대장 2당상관은 사모군을 공병화해 이를 기반으로 정국을 주도했습니다.
비록 남인의 진출을 허용하여 공존 체제를 보여주었으나 남인에 대한 견제 구도를 유지하였습니다. 이 구도는 인조, 효종, 현종때까지 이어지다 현종의 2차 예송논쟁 이후 잠시 남인이 집권을 거쳐 숙종 때에 들어서 노론과 소론으로 분화되었습니다.