말씀하신대로 면역계는 흉선에서의 중추적 관용과 말초적 관용을 통해 자신의 세포를 자기로 인식하여 공격하지 않도록 교육받습니다.
그러나 유전적 소인이나 환경적 요인으로 이 균형이 무너지면 자가면역질환이 발생하게 됩니다.
대표적 원인인 '분자 모방'은 병원체 단백질이 인체 조직과 유사해 면역계가 정상 조직까지 공격하게 만듭니다.
그리고 평소 면역계가 접근하지 못하던 신체 부위의 조직이 손상되면서 유출된 내부 단백질이 낯선 단백질로 인식되어 공격받는 현상도 있, '방관자 활성화' 같은 감염 시 분비되는 염증 물질 때문에 주변에 잠들어 있던 자가 반응성 세포까지 비특이적으로 깨어나는 기전도 있습니다.
또한, 특정 HLA 유전자 변이 등 유전적 소인은 면역계가 자가 항원을 더 잘 오인하도록 만듭니다.
이러한 기전으로 인해 면역계는 자신의 신체 조직을 비자기로 오인해 파괴하는데 말씀하신 류마티스 관절염은 관절 활막을 공격해 염증과 파괴를 일으키는 질환이고, 1형 당뇨병은 췌장의 인슐린 분비 세포를 자가 반응성 T 세포가 파괴하여 발생하는 질환입니다.