상속등기이전시, 등기가없는 시골집..문제

2000년이전 아버지가 돌아가시고 시골집 등기이전을 지금까지 하지않다가 이제 상속등기이전을 하려고 알아보니 등기가 없고 토지대장건축물대장은 나옵니다 등기가 없는 상태에서 상속등기이전신청을 해도 문제가 없는지 궁금합니다

그리고 건축물대장에 나오는 건축물면적과 취득세납부시 고지받은 건축물면적이 다른데 , 시청에선 소유권자가 없어 면적 수정이 어렵다고 등기이전 후 면적수정을 하라고합니다 그럼 등기신청시 건축물대장상 면적과 취득세영수증상 면적이 다른건 상관없는지 궁금합니다