얼굴 편평사마귀에는 처방용 트레티노인 크림이 비교적 흔히 사용됩니다. 대개 낮은 농도로 시작해 밤에 아주 얇게 바르며, 효과가 나타나기까지 수주에서 수개월이 걸릴 수 있습니다. 다만 홍반, 따가움, 각질, 색소침착이 생길 수 있어 매일 사용보다 주 2회에서 3회로 시작하고 보습제와 자외선차단제를 병행하는 경우가 많습니다. 임신 중이거나 임신 계획이 있다면 사용하지 않는 편이 안전합니다. 편평사마귀에는 트레티노인이 특히 유용한 국소치료로 알려져 있습니다.
이미퀴모드나 5-플루오로우라실도 사용되지만 얼굴에서는 자극과 염증 후 색소침착 위험이 있어 일반적으로 1차 선택은 아닙니다. 시중의 고농도 살리실산 사마귀 제거제는 얼굴에 화상이나 흉터를 남길 수 있으므로 임의 사용을 권하지 않습니다. 피부과에서 먼저 편평사마귀가 맞는지 확인한 뒤 트레티노인 처방이나 레이저, 냉동치료를 병변 수와 피부 상태에 맞춰 선택하는 것이 가장 안전합니다.