세금·세무

중소기업 취업자 청년 소득세 감면 이직 후 승계 및 퇴사 시 정산 관련 문의

안녕하세요. 중소기업 취업자 청년 소득세 감면을 적용받던 중 이직과 퇴사를 하게 되어, 감면이 정상적으로 승계·적용되었는지와 향후 세금 신고 방법을 문의드립니다.

1. 근무 및 감면 이력

* A회사: 2024년 11월 입사 ~ 2026년 2월 초 공식 퇴사

* B회사: 2026년 2월 3일 입사 ~ 2026년 9월 30일 퇴사

* 현재는 퇴사 후 무직 상태입니다.

* 중소기업 취업자 청년 소득세 감면은 A회사 입사 후인 2024년 11월경 처음 신청했습니다.

※ A회사에서는 2026년 1월 중 실제 출근을 종료했고, 이후 남은 연차 약 14~16일을 연속으로 사용했습니다. 해당 기간은 급여가 지급되는 유급휴가였으며, 근로관계는 유지된 상태로 2026년 2월 초 공식 퇴사 처리되었습니다.

2. 감면 적용 이력

* A회사의 2025년 근로소득 원천징수영수증에는 ’중소기업 취업 청년 감면 90%’가 기재되어 있습니다.

* B회사 입사 당시 기존 감면 신청 이력을 인사팀에 알렸으며, 인사팀에서는 2026년 연말정산 때 필요한 신청서를 2027년 초에 전달해 달라고 안내했습니다.

3. 2026년 원천징수영수증 확인 내용

① A회사 (2026년 1~2월)

* 중도퇴사 원천징수영수증상 감면소득 계: 2,464,286원

* 결정세액 및 조세특례제한법 제30조 감면액 항목은 공란입니다.

* 실제 출근은 1월 중 종료했지만, 유급 연차 사용으로 공식 퇴사일은 2026년 2월 초입니다.

② B회사 (2026년 2월 3일~9월 30일)

* 총급여: 21,685,168원

* 원천징수영수증상 조세특례제한법 제30조 감면액: 355,717원

* 감면기간 항목은 공란입니다.

* 종전 근무지 관련 소득 및 세액은 별도로 기재되어 있지 않습니다.

* 2026년 9월 30일 퇴사하면서 중도퇴사 정산을 진행했습니다.

4. 궁금한 점⭐️

1. A회사에서 적용받던 청년 소득세 감면은 B회사로 이직한 경우에도 최초 감면 시작일인 2024년 11월을 기준으로 이어서 적용되는 것이 맞나요?

2. A회사에서 1월 중 실제 출근을 종료하고 남은 연차를 사용해 2월 초 퇴사한 경우, 감면기간 및 근로소득 귀속에 특별히 고려해야 할 사항이 있나요?

3. B회사의 원천징수영수증에 감면기간은 공란이고 감면액 355,717원만 기재되어 있습니다. 이 경우 감면이 정상적으로 승계·적용된 것으로 볼 수 있나요? 감면액도 적정한지 궁금합니다.

4. 2026년 A회사와 B회사에서 발생한 근로소득이 B회사의 퇴사 정산 과정에서 합산되지 않은 것으로 보입니다. 두 회사의 소득을 합산해 2027년 5월 종합소득세 신고를 별도로 해야 하나요?

5. 현재는 무직이지만 2027년 5월 이전에 다른 회사에 취업할 수도 있습니다. 이 경우에도 2026년 두 회사의 근로소득은 별도로 합산 신고해야 하나요?

6. 만약 2026년 감면 적용이 일부 누락되었거나 잘못 계산되었다면, 퇴사한 근로자가 직접 세무서에 경정청구 등을 통해 감면을 적용받거나 세금을 환급받을 수 있나요?

7. 현재 시점에서 제가 직접 확인하거나 신청해야 할 서류 및 절차가 있다면 구체적으로 안내 부탁드립니다.

두 회사의 2026년 중도퇴사 원천징수영수증은 모두 보유하고 있습니다. 회사에 별도 문의하기 전에 현재 서류만으로 확인할 수 있는 부분과 향후 처리 방법을 알고 싶습니다.

감사합니다.

3개의 답변이 있어요!

  • 안녕하세요. 이영배 세무사입니다.

    1.네 이어서 남은기간만큼 받으시는겁니다.

    2.유급휴가도 마찬가지로 2월 초까지 감면기간 카운팅됩니다.

    3.감면기간 및 감면액이 있어야 정상처리된겁니다. 감면액은 영수증 받아봐야 정확히 알 수 있습니다.

    4.네 5월에 합쳐서 누진세율적용하셔야 합니다.

    5.네 연말정산은 2월에 재직중인회사에서 해주는것인데 재취업이 5월이니, 별도로 진행하셔야 합니다.

    6.네 물론이죠. 잘못된세액은 경정청구를 통하여 올바른 세액으로 정정할 수 있습니다.

    7.근로계약서 및 급여명세서 혹은 근로소득원천징수증이 필요하십니다.

    (1)기납부세액에 기재된금액이 급여명세상 금액을 모두 합친금액이 맞는건지

    (2)근로기간 올바르게 기재되었는지

    (3)중소기업취업자 감면신청서를 회사가 잘 제출했는지

    체크해주시기 바랍니다.

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    채택된 답변
  • 안녕하세요. 자성세무회계 김성은 세무사입니다.

    이직한 회사도 중소기업이라면 남은 감면기간은 그대로 적용됩니다.

    당초의 결정세액을 알 수 없어, 감면세액만으로는 적정한 금액인지 확인할 수 없으나 90%금액인지 원천징수영수증 상에서 직접 확인해보시면 될 것 같습니다.

    2026년 두 곳 이상에서 근로소득이 발생한 경우 다음년도 5월에 종합소득세 신고를 통하여 합산하여야 합니다.

    연말정산 또는 종합소득세 신고 시 누락된 공제항목 등이 있는 경우 경정청구를 통하여 반영하고 환급 가능합니다.

    제 답변이 도움이 되셨길 바랍니다.

    감사합니다.

  • 안녕하세요. 문용현 세무사입니다.

    B회사에서도 감면이 적용이 된 것이며 근무기간 및 급여가 적기 때문에 세금이 전액 환급이 되거나 납부할 세금이 없는 것입니다. 남은 감면기간동안 다음 회사에서 받으시면 됩니다.

    도움이 되셨길 바랍니다.