일본은 처음 천주교에 대해 온건한 입장이었습니다. 하지만 1587년 도요토미 히데요시가 바테렌 추방령을 내려 선교사 추방과 전교 제한을 명명하면서 금지합니다. 그리고 에도 막부 수립 이후 1614년 전국 금교령으로 선교사 추방, 성당 파괴, 배교 강요가 시작되었습니다. 특히 1637년 시마바라의 난 이후 천주교가 반란과 연결되었고, 탄압과 쇄국이 더욱 강화되었습니다.
천주교를 금지한 이유는 기독교 다이묘와 선교사가 포르투갈, 스페인과 연결하여 막부 통제를 벗어날 것을 우려한 것입니다. 또한 선교사가 먼저 주민을 개종시킨 뒤 외국이 침략한다는 의심이 컸습니다. 그리고 천주교 신앙이 신도, 불교 질서와 막부의 권위를 흔든다고 봤기 때문입니다.