퇴사 후에 보니 프리랜서로 신고되어 있는 경우

2025년에 이직을 두 번 해서 근무한 사업장이 3개입니다. 그래서 종소세 단순경비율 신고 대상자라는 알림이 왔어요.

현재 근무 중인 사업장과 직전 사업장은 근로소득으로 잘 잡혀 있으나 나머지 하나의 사업장은 사업소득으로 잡혀서 이상하다고 생각했습니다.

그래서 홈택스에서 지급명세서를 떼어 보니, 프리랜서(업종코드940916)로 신고되어 있었습니다. 업무지시를 받았고, 출퇴근 시간이 정해져 있고, 고정급을 지급받으며 일했기 때문에 프리랜서가 아니라 근로자 자격으로 알고 있는데 4대보험 가입 없이 3.3%만 떼어가는 프리랜서로 신고돼도 상관이 없는 건가요?

종소세 신고할 때 불이익이 있을 수 있는지, 만약 불이익이 발생한다면 해당 사업장에 문의해야 하는 건지 궁금합니다.