뱀장어는 5-12년 동안 담수에서 성장하여 성어가 되면 다시 바다로 돌아가서 산란을 합니다. 8-10월에 뱀장어는 심해로 들어가서 산란을 하고 죽는 것으로 알려져 있습니다. 뱀장어는 한번에 700-1200만개의 알을 낳는데 2-3일 이면 부화해서 1mm 크기의 버들잎 모양의 렙토세팔루스가 됩니다. 렙토세팔루스는 해류를 타고 얕은 연안으로 이동하여 바닥에 정착한 뒤 실뱀장어로 변태를 합니다. 변태를 마친 실뱀장어는 강으로 올라와서 다시 성체로 성장하게 됩니다.
뱀장어의 정확한 생태는 아직도 잘 알려져 있지 않아서 양식하기 어려운 물고기 입니다. 수압이 높은 심해에서 산란하기 때문에 그 조건을 맞추기 어렵습니다. 현재의 양식방법도 강으로 넘어오는 실뱀장어를 채취하여 양식하는 것입니다.