질문하신 현상은 초분절적 요소 (초분절 음소) 라는 개념과 관련 있습니다. 음의 고저, 장단, 강약, 완급 등이 초분절적 요소입니다. 이 초분절적 요소는 문어에는 나타나지 않고 구어에만 나타납니다.
"한글은 한국어를 소리나는 대로 쓴다"라는 통념이 있지만 문자 언어와 음성 언어가 똑같지는 않습니다. 문어와 구어는 차이가 있습니다! 이 차이를 이해하셔야 합니다. 어르신들이 "잘 한다"라는 말을 반어적인 뜻으로 할 때 "자~알 한다" 정도로 발음하는 거 들어보신 적 있나요? 이것 또한 초분절적 요소가 동반되어 문어로는 표현할 수 없는 미묘한 정서를 표현한 것입니다.
추가로 말씀드리면, 구어의 발음과 문자 표기가 다른 단어는 꽤 많습니다. '굳이'→[구지], '의례'→[으레] 등과 같이 한국어 사용자가 항상 표기 그대로 발음하는 것은 아닙니다. 이 주제에 대해 더 알아보고 싶으시다면 "구어"에 대해 공부해보심을 추천드립니다.