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코골이는 입천장과 목젖이 늘어져 있거나 편도선이 큰 경우, 또는 혀가 비대하거나 턱이 작거나 뒤로 물러나 있는 경우, 목 부위의 비만 등의 원인으로 인해 좁아진 통로를 통해 숨을 쉬기 때문에 일어나게 됩니다. 코질환도 코골이의 유발 또는 악화인자가 될 수 있습니다. 음주 후에는 근육의 긴장도가 떨어져 축 늘어진 상태가 되기 때문에 더욱 심한 코골이가 나타나게 됩니다. 그리고 코골이 상태에서 숨쉬는 통로가 더욱 좁아지게 되면 자다가 숨이 끊어지는 수면 무호흡증이 나타나게 됩니다.
드물게는 수면 무호흡증이 호흡을 조절하는 뇌 부위에서 적절한 신호를 보내지 않아 발생하는 경우도 있으며, 또는 복합적인 원인으로 나타나기도 합니다. 이는 수면다원검사를 통해 확인해야 합니다.