인력 용역계약 관련 질문입니다.

안녕하세요.

회사에서 프리랜서를 고용해서 건당 컨설팅 용역(인적용역)에 대한 비용을 처리하고 있습니다. (개인 대 회사로 용역 계약 후 3.3% 공제 후 지급)

그런데 어떤 분이 본인이 가족의 법인회사의 직원으로 등록되어 보험을 내고 있어 회사 대 회사로 계약을 하고 컨설팅 용역을 지급하는 것으로 변경해달라고 하여 절차를 진행중입니다.

여기서 궁금한 점은 이 사람이 이번 달에 제공한 용역비가 100만원 일 때 여태까지는 100만원에 3.3%를 공제 후 지급했던 것을 회사 대 회사로 계약한다면 1) 용역비 100만원에 10% 부가세를 붙여 세금계산서를 발행받아 대금지급 해야하는 것인가요? 2) 아니면 부가세 10%가 포함된 금액으로 100만원을 세금계산서 발행받아 대금 지급 해야하는걸까요?

여쭤보는 이유는 다른 프리랜서들과 건당 동일한 비용을 지급하고 있는데 평등하게 지급되기 위함입니다.

정성스런 답변 부탁드립니다.