일단 2~5층이 근린으로 되어 있기 때문에 건물전체가 하나의 등기로 되어 있는것 같습니다.
주택으로 쓰이는 층이 4층이상이면 건물전체를 하나의 등기로 할 수 없고 각 호실별로 등기가 이루어져야 하는데 2~5층을 불법으로 원룸으로 개조했기 때문에 만약 2~5층을 주택임대소득으로 신고하게 될 경우 이에 대해 시정조치가 이루어 질 수 있고 이경우 다주택자로 보아 세금이 부과될 수 있습니다.
따라서 현재 공부상으로는 비과세이지만 차후 적발시 과세로 추징될 수 있습니다.
상가는 사업자등록 후 세금계산서를 발행하고 반기마다 부가세신고 및 5월달에 종합소득세 신고를 진행하시면 되시고 주택은 임대소득을 신고하게 될 경우 불법개조가 적발될 리스크가 있기때문에 시정하는 것을 원하지 않으실 경우 비과세로 신고하지 않는것이 좋을것 같습니다. 다만, 불법개조에 대한 리스크는 항상 존재합니다.
주택을 비과세로 신고할 경우 간편장부대상자로 단순경비율이 적용되며 과세로 신고할 경우 복식부기의무자로 장부작성을 하여야 합니다.