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무역기업에 대한 관세청과 국세청의 이중조사는 제도적으로 필요합니까

최근 관세청 조사 이후 곧바로 국세청 세무조사까지 진행되어 중복되는 자료 제출과 업무 마비가 발생했습니다. 기업에 대한 이중 조사 방식이 제도적으로 정비되어야 할거 같은데 어찌 생각하시나요?

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  • 안녕하세요. 남형우 관세사입니다.

    관세조사 직후 국세청 세무조사가 이어지는 경우 기업 입장에서는 유사 자료의 반복 제출과 조사 대응 인력 과부하로 업무 차질이 불가피합니다. 조사 목적은 다르더라도 일정 기간 내 중복 조사가 이루어질 경우 기관 간 정보 공유를 통해 조사 일정을 조율하거나, 사전 통지 절차를 강화하는 방식의 제도 정비가 필요하다는 의견이 꾸준히 제기되고 있으며, 실무 현장에서도 개선 필요성이 크다고 판단됩니다.

  • 안녕하세요. 홍재상 관세사입니다.

    수출입 물품이 오고가는 상황에서 무역기업은 관세 뿐 아니라 내국세에 대한 이슈가 있기때문에 각기 다른 시점에서의 조사가 들어올 수 있습니다. 다만,질문내용만으로 답변드리기는 어려운 부분이 있으며 이러한 부분이 있다면 세법상 중복조사 금지 등에 해당되지 않는지 전문가와의 심층적인 상담이 필요할 것으로 생각됩니다.

    감사합니다.

  • 안녕하세요. 최진솔 관세사입니다.

    관세청과 국세청의 조사는 각각 관세와 내국세라는 서로 다른 세목을 다루기 때문에 형식적으로는 이중조사라 보기 어렵습니다. 관세청은 수입 신고 시의 과세 가격, 품목분류, 원산지 등을 중심으로 보고, 국세청은 법인세, 부가가치세 등 내국세 전반에 대해 조사합니다. 따라서 동일한 거래라 하더라도 각 기관이 접근하는 기준과 목적은 다를 수밖에 없습니다.

    하지만 기업 입장에서 보면 같은 수입 건에 대해 유사한 자료를 반복적으로 요구받고, 심지어 양 기관의 해석이 충돌하는 상황이 발생하면 심각한 업무 마비와 불확실성을 겪게 됩니다. 예를 들어, 관세청은 특정 수입 원자재에 대해 과세가격을 높게 판단했는데, 국세청은 그와 다른 원가 기준을 적용해 법인세 비용으로 인정하지 않는다면, 하나의 사안에 대해 이중으로 과세하는 효과가 발생할 수 있습니다. 이는 조세법률주의 원칙과 납세자의 권리 보호에 어긋나는 문제입니다. 대표적으로 국세청은 기간별 과세를 하지만 관세청은 건별 과세를 하기에 특수관계자간 거래가겨에 대하여도 항상 이견이 발생하고 있습니다.

    따라서 제도적으로는 두 기관 간의 조정 절차나 사전 협의 체계가 정비될 필요가 있습니다. 동일 사안에 대해 과세관청의 입장이 불일치할 경우에는 납세자에게 부담을 전가하기보다는, 기관 간 조율을 통해 일관된 해석과 판단을 제공하는 절차적 장치가 마련되어야 합니다. 특히 중소기업처럼 인력과 대응 여력이 부족한 경우, 이러한 제도 미비는 더 큰 피해로 이어질 수 있기에, 조속한 제도 개선이 필요하다고 볼 수 있습니다.

    감사합니다

  • 안녕하세요. 박현민 관세사입니다.

    관세청과 국세청의 이중조사는 기업 입장에서 과도한 행정 부담과 영업 차질을 유발할 수 있어 제도 개선이 필요하다는 목소리가 커지고 있습니다. 관세청은 수입신고관세납부 적정성, 국세청은 매출법인세 등 세무 전반을 각각 관할하지만, 두 기관 모두 수입 원가, 거래처 계약서, 회계장부 등 유사한 자료를 요구하는 경우가 많아 기업 입장에서는 실질적으로 중복 조사를 받는 셈이 됩니다.

    현재 일부 사안에 대해서는 관세청국세청 간 정보 공유 시스템이 존재하지만, 조사 시기와 내용 조율은 강제성이 없어 실효성이 낮다는 지적이 많습니다. 제도적으로는 동일 거래 또는 동일 기간에 대한 중복 조사 방지를 위한 사전 통지조정 시스템 도입, 중소기업 대상 조사 유예 기준 강화 등이 필요합니다. 기업의 권익 보호와 행정 효율성 제고를 위해 양 기관의 조사 통합 또는 절차적 협의 시스템이 법제화될 필요가 있습니다.

  • 안녕하세요. 이치호 관세사입니다.

    무역기업 입장에서 관세청 조사를 받은 직후, 곧바로 국세청의 세무조사까지 이어지는 상황은 분명 부담이 클 수밖에 없습니다. 실제로 조사 목적이 다르다고 하더라도, 제출해야 하는 자료가 상당 부분 겹치는 경우가 많아 기업은 동일한 정보를 반복해서 준비해야 하고, 이 과정에서 실무가 마비되다시피 하는 경우도 적지 않다고 들었습니다.

    관세청은 주로 수출입 가격의 적정성과 과세표준을, 국세청은 법인세 등 세원 누락 여부를 중심으로 살펴보지만, 결과적으로 동일한 거래 내역이나 회계 자료를 다시 들여다보게 되는 구조라 기업 입장에서는 이중부담이 발생할 수밖에 없습니다. 이로 인해 일부에서는 조사 자체보다도 대응 과정에서의 소진과 피로도가 더 큰 문제로 다가온다는 반응도 있습니다.

    이런 배경을 고려했을 때, 두 기관 간 정보 공유 체계를 강화하거나 조사 시기를 조정하는 방식의 제도적 보완이 필요하다는 의견에 충분히 공감이 갑니다. 예를 들어, 공동조사 방식처럼 기업의 행정부담을 최소화하면서도 조사 목적을 달성할 수 있는 방식을 고민해 볼 시점이라 생각됩니다.

  • 안녕하세요. 이현 관세사입니다.

    관세청과 국세청은 각자 별도의 독립된 국가 기관으로서 관세조사 및 세무조사를 할 수 있습니다. 또한 두 기관은 특정사건에 대해서는 공조하여 조사를 진행하는 경우도 있습니다.

    관세청과 국세청의 조사가 연속적으로 진행될 경우 해당 기업은 조사로 인한 업무 차질이 있을 수 있습니다. 다만, 관세 조사나 세무 조사 시 납세자 권리보호를 하도록 하고 있습니다. 납세자 권리보호를 통하여 관세나 국세 조사권을 남용하지 못하도록 하고 있으며, 중복 조사를 받지 않도록 하고 있습니다. 또한 전문지식인으로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견진술을 할 수 있도록 하며, 납사자의 성실성을 추정받을 권리를 갖고 있습니다. 조사가 시작되기 전에는 사전 통지를 받도록 하고 있으며, 조사 연기 신청도 가능합니다.

    이중 조사 등으로 인하여 납세자 권리가 피해를 받았다면 납세자 권리보호 요청을 할 수 있습니다. 납세자 권리보호 요청 제도는 세금의 부과와 징수 또는 조사 등의 국세 행정 집행(예정)과정에서 납세자의 권리가 부당하게 침해되는 경우 납세자가 납세자보호담당관에게 권리보호를 요청하면 납세자보호위원회 심의 또는 납세자보호담당관 시정요구를 통해 권리를 구제해주는 제도입니다.

    감사합니다.