다만, 연말정산은 근로소득만이 그 대상이 되며 근로자는 공제서류만을 제출하고 회사가 진행하는 반면, 종합소득세는 근로소득 뿐 아니라 사업, 연금, 기타소득 등이 있다면 근로소득과 모두 합산하여 신고하여야 하며, 납세자 본인이 직접 하거나 세무사에게 의뢰하여 신고를 진행하여야 합니다.
연말정산은 근로소득에 대하여, 종합소득세 신고는 근로소득 외의 모든 소득을 포함하는 세금을 신고 및 부과하는 절차 입니다. 연말정산은 연초에 직장인을 대상으로 한 근로소득세를 회사에서 처리하며, 종합소득세는 매년 5월 근로소득 외의 소득이 있는 납세자가 직접 신고하게 됩니다.