안녕하세요. 문용현 세무사입니다.
1. 기재하신 것처럼 자가운전보조금(월20만원 이내 비과세)는 종업원 명의차량을 실제 업무에 사용할 경우에 한해서 비과세가 간으합니다.
2. 회사는 매월 원천징수 신고를 덜 했을 것이므로 원천징수가산세가 부과될 것입니다. 참고로 비과세 급여가 과세급여가 바뀐다면 질문자님도 세금을 더 내게 되는 것이므로 불이익이 있는 것입니다. 사실관계는 보아야하겠지만 비과세급여는 세금을 납부하지 않으므로 근로자에게 좋은 것입니다.
3. 만약, 신고를 하시려면 신고하시기 전에 회사에 사실관계를 확인해보고, 회사 사업장 관할 세무서에 직접 유선문의를 하시는 것이 적절해보입니다.
도움이 되셨길 바랍니다. 감사합니다.